某项目活动E有两项紧后活动，这两项紧后活动的最早开始时间分别为第15天和第18天，活动E的最早开始时间和最迟开始时间分别为第6天和第9天。如果活动E的持续时间为9天，则活动E的（48）。

根据题目给出的信息，活动E的最早开始时间为第6天，持续时间为9天，因此最早完成时间为第15天。由于活动E有两项紧后活动，最早开始时间分别为第15天和第18天，所以活动E的总时差为两者之间的最大时间差，即3天。因此，选项A正确，总时差为3天。而自由时差是指在不延误项目完成时间的前提下，活动E可以灵活调整的时间范围，由于题目中没有给出关于紧前活动的信息，无法计算活动E的自由时差。因此选项B和D均不正确。选项C的总时差为2天也不正确，应为3天。