企业信息化系统建设过程中，监理工程师应通过日常检查和教育，监督承建单位积极进行软件知识产权保护，为防止内部员工侵权，建议承建单位（ ）。

1制定知识产权保护规章制度

2对员工进行知识产权相关教育

3与员工签订知识产权保护协议

4及时到国家知识产权局进行作品登记

在软件知识产权保护方面，监理工程师应建议承建单位制定知识产权保护规章制度，并对员工进行知识产权相关教育，同时建议与员工签订知识产权保护协议。因此，为防止内部员工侵权，承建单位应采取多项措施，包括制定规章制度、进行相关教育以及与员工签订协议等。而及时到国家知识产权局进行作品登记虽然不是必须措施，但仍然可以作为一种额外的保护措施进行考虑。因此，正确答案为A，涵盖制定知识产权保护规章制度、对员工进行知识产权相关教育以及与员工签订知识产权保护协议三个方面。