监理工程师在遇到项目变更情况时，正确的变更控制程序是（59）。

根据变更的程序，变更申请单位应该向监理工程师提出变更要求或建议，并提交书面工程变更建议书。在提出工程变更建议书时，确实应在预计可能变更的时间之前提出，以便为监理工程师和相关部门留出足够的评估和处理时间。在特殊情况下，工程变更可能会不受时间的限制。因此，选项A正确描述了正确的变更控制程序。

对于其他选项：

B选项中，虽然提到了承建单位向建设单位提出变更要求或建议，但并未明确提到需要向监理工程师提出变更建议，这不是完整的流程描述。

C选项中，描述了监理机构在进行变更初审时应明确界定变更的合理性和必要性，这是正确的，但仅仅是一个部分流程。

D选项中，提到最优的变更方案由监理机构分析和评估后进行确定是不准确的。实际上，最优的变更方案应该由业主、承包商和监理三方共同协商和讨论确定。

因此，根据题目描述和参考答案，正确的答案是A。