项目实施期间，承建单位从节约工程投资的角度，向监理工程师提出变更部分工程设计的建议。监理单位接受建议后，由于承建单位当时因为人力资源的限制不能在要求的时间内完成变更任务，与承建单位协商并经其同意将此部分工作委托其它设计单位完成。变更设计方案经过监理工程师审核后用于实施，但实施中发现修改的设计方案存在重大缺陷，就变更程序而言，应由 （62） 承担责任。

根据《建筑法》的规定，建筑施工企业对工程的施工质量负责，并且必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得偷工减料。工程设计的修改应当由原设计单位负责，建筑施工企业不得擅自修改工程设计。在这个情境中，承建单位提出变更部分工程设计的建议后，由于自身的人力资源限制，委托其他设计单位完成变更任务。但实施中发现修改的设计方案存在重大缺陷，责任应当归咎于擅自修改设计的行为，因此应由承建单位承担责任。所以答案是A。