在质量管理体系认证中，认证机构对申请单位的质量管理体系审核是质量管理体系认证的关键环节，其基本的工作程序是 （40） 。

①文件审核 ②现场审核 ③机构设置 ④批准申请报告 ⑤提出审核报告

在质量管理体系认证中，认证机构对申请单位的质量管理体系审核的基本工作程序包括文件审核、现场审核和提出审核报告。现场审核是审核人员在申请单位现场进行的质量管理体系审核，是认证过程中的重要环节；文件审核是对申请单位的质量管理体系文件进行审查；而机构设置和批准申请报告并不是质量管理体系审核的基本工作程序。因此，正确答案是C，即①文件审核、②现场审核和⑤提出审核报告。