在工程项目实施阶段的质量控制中，监理工程师对承建单位所做出的各种指令，除特殊情况外，一般应采用 （59） 。

在工程项目实施阶段的质量控制中，监理工程师对承建单位所做出的各种指令，除特殊情况外，一般采用书面文件形式。这是因为书面文件形式具有明确、正式、可追踪和可保存的特点，有助于确保双方对指令的理解和执行保持一致。因此，正确答案为C。