工程监理费是付给信息系统工程项目监理单位的监理服务费用。工程监理的取费应综合考虑信息工程项目的监理特点、项目建设周期、地域分布、监理对象、监理单位的能力、监理难度等因素。一般采取的主要取费方式有 （48） 。

1按照信息系统工程建设费（或合同价格）的百分比取费

2由建设单位确定

3由建设单位和监理单位商定

4按照参与信息系统工程的监理人员服务费计取

工程监理费的取费方式应综合考虑信息工程项目的监理特点、项目建设周期、地域分布、监理对象、监理单位的能力、监理难度等因素，并由建设单位和监理单位商定。因此，按照信息系统工程建设费的百分比取费、由建设单位和监理单位商定、按照参与信息系统工程的监理人员服务费计取是主要的取费方式。而由建设单位确定监理费的方式可能不符合国家相关文件规定，因此不应作为主要取费方式之一。所以答案为D。