请指出Linux系统的根目录是哪个，以及用户安装的应用程序文件通常存放在哪个目录？

Linux 系统根目录是 “/”，所以选项 B 是正确的。用户安装的应用程序文件默认存放在 “/usr” 目录中，但这个目录结构下还有一个更具体的子目录 “/usr/local”，通常是用户安装的应用程序存放的地方，但这个题目的选项中并没有列出，但从常规的文件存放习惯来看，默认的应用程序文件存放目录更接近于 “/boot”，因此选项 D 是正确的。