Linux 系统根目录是（1）,用户安装的应用程序文件默认存放在（2）目录中。

Linux系统的根目录是"/“，所有文件和目录都是从这里开始的。用户安装的应用程序文件默认存放在”/boot"目录中，因为这个目录包含了操作系统的内核和在启动系统过程中所需的一些文件。其他选项如C "/home"是用户的宿主目录，A “c:” 不是Linux系统的标准路径等。因此，正确答案是B和D。