文件型计算机病毒主要感染的文件类型是EXE和COM文件。EXE是可执行文件的格式,COM是早期的DOS程序格式。病毒会感染这些文件并在执行时运行恶意代码。而XLS是Excel文件的格式,DOC是Word文件的格式,它们不是病毒主要感染的对象。因此,正确答案是A。