基金管理人治理结构及经营管理组织的根本出发点是保护哪一方的利益？

基金管理人治理结构及经营管理组织的根本出发点是保护基金份额持有人的利益。这一原则在相关法律法规、公司规章制度、工作流程和议事规则等方面都有所体现。各级组织机构的职权行使和公司员工的从业行为，都应以确保基金份额持有人的利益为首要任务。因此，选项A是正确答案。