关于基金公司的内部控制，以下哪项是决定公司内部控制运行方式和方向的关键，也是认识内部控制基本理论的出发点？

内部控制目标是决定公司内部控制运行方式和方向的关键，也是认识内部控制基本理论的出发点。因此，正确答案是D。基金公司需要明确其内部控制的目标，以确保公司的业务运营符合法规、风险可控，并保障客户的利益。其他选项虽然也是内部控制的重要组成部分，但并非决定运行方式和方向的关键。