基金管理公司采取以下哪些措施可以完善会计系统管理。（）
Ⅰ 由一人同时担任基金会计岗和合规管理岗并独自操作全过程
Ⅱ 基金管理公司的会计核算与旗下基金的会计核算交叉混同
Ⅲ 对所管理的基金以基金为会计核算主体，独立建账独立核算
Ⅳ 不同基金在名册登记、账户设置、资金划转等方面相互独立

基金管理公司要完善会计系统管理，应该采取以下措施：

1. 对所管理的基金以基金为会计核算主体，独立建账独立核算。这意味着每个基金应该有自己独立的账目和核算体系，确保各基金的财务状况清晰、透明。
2. 不同基金在名册登记、账户设置、资金划转等方面相互独立。这样可以防止不同基金之间的账务混淆，保持各基金的独立性和风险隔离。

而措施Ⅰ中的一人同时担任基金会计岗和合规管理岗并独自操作全过程是不被推荐的，因为这违反了岗位分离和相互监督的原则；措施Ⅱ中的基金管理公司的会计核算与旗下基金的会计核算交叉混同也是不正确的，这会导致账务混乱，无法准确反映每个基金的财务状况。

因此，正确答案为B，即措施Ⅲ和Ⅳ是基金管理公司完善会计系统管理的正确做法。