中国证监会最新发布的指引中规定了新的投资限制，但某基金管理公司因风控人员离职而未能及时在投资系统中设置阈值，导致投资违规，该公司违反了内部控制的（）

根据题目描述，某基金管理公司因风控人员离职而未能及时在投资系统中设置阈值，导致投资违规。这表明该公司在内部控制的健全性方面存在缺陷，未能全面覆盖所有环节和人员，导致在风控人员离职后出现漏洞。因此，该公司违反了内部控制的健全性原则。