基金管理公司采取以下哪些措施可以完善会计系统管理。（）
Ⅰ由一人同时担任基金会计岗和合规管理岗并独自操作全过程
Ⅱ基金管理公司的会计核算与旗下基金的会计核算交叉混同
Ⅲ对所管理的基金以基金为会计核算主体，独立建账、独立核算
IV不同基金在名册登记、账户设置、资金划转等方面相互独立

对于基金管理公司的会计系统管理，应该采取以下措施：

1. 严禁由一人同时担任基金会计岗和合规管理岗并独自操作全过程，应该明确职责划分，以确保相互监督的岗位不被一人独自操作。因此，措施Ⅰ是不可取的。
2. 公司对所管理的基金应当以基金为会计核算主体，独立建账、独立核算，保证不同基金之间在名册登记、账户设置、资金划拨、账簿记录等方面相互独立。各基金会计核算应当独立于公司会计核算。措施Ⅲ和IV正是符合这一要求的，因此是正确的。

综上，完善基金管理公司的会计系统管理措施包括Ⅲ和IV，所以答案为B。