基金经营机构的（）决定本机构的廉洁从业管理目标，对廉洁从业管理的有效性承担责任，履行廉洁从业管理职责，基金经营机构的（）负责落实廉洁从业管理目标，对廉洁运营承担责任，主要负责人是落实廉洁从业管理职责的第一责任人。
Ⅰ 董事会
Ⅱ 监理会
Ⅲ 高级管理人员
Ⅳ 总经理

根据《基金经营机构及其工作人员廉洁从业实施细则》的规定，基金经营机构的董事会决定本机构的廉洁从业管理目标，对廉洁从业管理的有效性承担责任，履行廉洁从业管理职责。基金经营机构的高级管理人员负责落实廉洁从业管理目标，对廉洁运营承担责任，主要负责人是落实廉洁从业管理职责的第一责任人。因此，本题的答案是Ⅰ、Ⅲ，即选项C。