中国证监会最新发布的指引中规定了新的投资限制，但某基金管理公司因风控人员离职而未能及时在投资系统中设置阈值，导致投资违规，该公司违反了内部控制的（）。

根据题目描述，某基金管理公司因风控人员离职而未能及时在投资系统中设置阈值，导致投资违规。这表明该公司的内部控制在风控方面存在缺陷，未能健全地涵盖所有业务和部门，特别是在人员变动时未能及时跟进。因此，该公司违反了内部控制的健全性原则。