某基金公司的监察稽核控制如下：
Ⅰ 监察稽核部作为二级部门在投资部门下设立
Ⅱ 经由公司总经理聘任设立督察长一名
Ⅲ 督察长设立后，报中国证监会核准
Ⅳ 监察稽核部门主要对股东大会负责，向其汇报日常工作
该基金公司的监察稽核控制不符合规定的是（ ）。

根据题目描述，监察稽核部作为二级部门在投资部门下设立是不符合规定的，因此选项Ⅰ错误。基金管理人应当设立督察长，对董事会负责，并经董事会聘任，报中国证监会核准，因此选项Ⅱ中描述总经理聘任督察长是不准确的。关于监察稽核部门主要负责对象描述错误，基金管理人应当设立监察稽核部门，对公司经营层负责，因此选项Ⅳ描述监察稽核部门主要对股东大会负责是不正确的。所以该基金公司的监察稽核控制不符合规定的是Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ，答案为A。