基金管理公司在基金投资运作中，合规的做法是（）。

基金管理公司在基金投资运作中，需要遵循公平、公正、公开的原则。
选项A中，公司五只基金同时买入一只股票时，应该遵循公平交易的原则，不能让指令数量小的先成交，因此A选项不合规。
选项B中，董事长不能直接给投资总监打电话要求买入某只股票，这违反了公司的投资决策流程，不符合合规要求。
选项C中，公司的两只公募基金和一个特定客户资产管理计划同时申购某债券时，交易员按照三个投资组合的规模大小确定各自的分配比例，是符合公平交易原则的，因此C选项是合规的。
选项D中，总经理在列席投资决策委员会时，建议研究部对某行业进行重点研究，这并不违反规定，但是如果没有经过投资决策委员会的决策流程，就直接影响投资决策，也是不合规的。因此，合规的做法是选项C。