证券交易所根据管理人提供的ETF基金份额参考净值计算方式、申购赎回清单中的组合证券等信息，计算公布ETF基金份额参考净值的时间是（）。

根据基金运作的实际情况，证券交易所在交易时间内，会根据管理人提供的ETF基金份额参考净值计算方式、申购赎回清单中的组合证券等信息，实时计算并公布ETF基金份额参考净值。因此，正确答案是D，即在交易时间内实时计算并公布。