某投资者申购了证券投资基金，有权确认该投资者持有基金份额事实的机构是（）。

确认投资者持有基金份额事实的机构是基金注册登记机构。中国证券登记结算公司是证券交易提供集中登记、存管与结算服务的法人，负责基金份额的登记，通过设立和维护基金份额持有人名册，确认基金份额持有人持有基金份额的事实。因此，选项A正确。其他选项如基金托管机构、基金销售机构、证券交易所并不是确认投资者持有基金份额事实的机构。