在实践中，当因市场流动性不足或债券交易特性及交易惯例等因素影响跟踪标的指数效果时，债券指数基金通常采取的处理方法是(  )

根据题目描述，当市场流动性不足或受到债券交易特性和交易惯例等因素影响跟踪标的指数效果时，债券指数基金通常采取的处理方法是优化复制。优化复制法综合考虑跟踪效果、操作风险等因素构成组合，根据基金资产规模、日常申赎情况、市场流动性等因素进行优化调整，以保证对标的指数的有效跟踪。因此，正确答案为D。