关于股权投资基金X投资的Y企业破产清算情况，已知Y企业资产总值经法院拍卖变现后，计算X基金持有Y企业的股权估值为多少？

根据题目描述，Y企业的账面资产总值是9亿元，经过法院拍卖资产，资产变现总值为12亿元，那么资产增值为12亿元减去原始资产总值9亿元，等于3亿元。然后需要考虑负债、利息和相关清算费用，合计为7.5亿元。因此，Y企业实际可用于分配的资产为12亿元减去7.5亿元，等于4.5亿元。根据X基金在Y企业中的持股比例10%计算，X基金持有Y企业的股权估值为4.5亿元乘以10%，即0.45亿元。因此，答案为B。