独立第三方服务机构在哪些情况下需向基金业协会提交重大信息变更申请？ Ⅰ．整体构成变更持股20％以上的股东 Ⅱ．股东持股比例变更超过20％ Ⅲ．实际控制人发生变更 Ⅳ．变更股东持股比例超过5％

根据题干所述，独立第三方服务机构在以下情况下需要向基金业协会提交重大信息变更申请：整体构成变更持股20％以上股东、变更股东持股比例超过20％以及实际控制人发生变化。因此，选项A包括的三种情形都是正确的。选项B缺少变更股东持股比例超过20%的情况，选项C缺少整体构成变更持股20％以上股东的情况，选项D则包括了所有需要报告的情形。所以答案是A。