根据《公司法》的规定,公司应当进行清算的情形包括:公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现;股东会或者股东大会决议解散;公司依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销。而选项A中的情形是,公司经营管理发生困难,持有公司全部股东表决权百分之五以上的股东请求解散,这并不属于应当进行清算的情形。因此,本题答案为A。