股权投资基金所投企业在境内间接上市的方式包括(  )
Ⅰ参与上市公司股票的首次公开发行
Ⅱ参与上市公司股票的非公开发行
Ⅲ借壳上市
Ⅳ参与上市公司重大资产重组

股权投资基金所投企业在境内间接上市的方式包括借壳上市和参与上市公司重大资产重组。因此，选项Ⅲ和Ⅳ是正确的。选项Ⅰ和Ⅱ是股权投资基金直接投资企业在上市过程中的方式，不属于间接上市的方式。所以，正确答案是D，即选项Ⅲ和Ⅳ。