下列哪些建筑可以采用自然通风方式进行防烟？

根据《建筑防烟排烟系统技术标准》GB51251-2017的规定，建筑高度小于或等于50m的公共建筑、工业建筑和建筑高度小于等于100m的住宅建筑，其防烟楼梯间、独立前室、共用前室、合用前室（除共用前室与消防电梯前室合用外）及消防电梯前室应采用自然通风系统。因此，建筑高度为99m的住宅建筑可以采用自然通风方式防烟，选项B正确。而建筑高度为62m的公共建筑、建筑高度为58m的仓库和建筑高度为60m的厂房，其防烟方式可能需要其他系统，因此选项A、C、D不符合题目要求。