根据题目描述和参考答案,隧道建筑内的风井的耐火等级应采用一级。因为风井是隧道建筑内的重要设施之一,对于隧道的通风和消防安全至关重要,所以其耐火等级要求较高。而其他场所如地面的重要设备用房、运营管理中心及附属用房等,其耐火等级不应低于二级。因此,答案为D。