汽车库分类中，下列哪些类型应设有火灾自动报警系统？

根据相关规定，需要设置火灾自动报警系统的汽车库主要包括：甲、乙类物品运输车的汽车库、Ⅰ类汽车库以及Ⅰ、Ⅱ类修车库。因此，选项B“甲、乙类物品运输车的汽车库”、C“Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类汽车库”和E“Ⅰ、Ⅱ类修车库”是正确的。而Ⅲ类修车库和Ⅳ类汽车库不需要设置火灾自动报警系统，所以选项A“Ⅲ类修车库”和D“Ⅳ类汽车库”不需要选择。