当采用自然排烟方式时，储烟仓的厚度不应小于空间净高的（  ），且不应小于500mm，同时储烟仓底部距地面的高度应大于安全疏散所需的最小清晰高度。

根据《建筑防烟排烟系统设计标准》（GB51251-2017）的规定，当采用自然排烟方式时，储烟仓的厚度不应小于空间净高的20%，且不应小于500mm。因此，正确答案是D。