在某城郊地区，农民焚烧庄稼秸秆引发火灾，下列情形中，不应被立案追诉的是哪一种？

根据失火罪的立案追诉标准，以下情形应予以立案追诉：
1. 导致死亡1人以上，或者重伤3人以上的；
2. 导致公共财产或者他人财产直接经济损失50万元以上的；
3. 造成10户以上家庭的房屋以及其他基本生活资料烧毁的；
4. 造成森林火灾，过火有林地面积2公顷以上，或者过火疏林地、灌木林地、未成林地、苗圃地面积4公顷以上的；
5. 其他造成严重后果的情形。
对比题目中的四个选项，A、C、D情形均符合上述立案追诉标准中的相关情形，而B选项烧毁一座厂房和两台设备，预估直接经济损失为40万元，未达到立案追诉标准中的第2条“导致公共财产或者他人财产直接经济损失50万元以上”的标准。因此，可以不予立案追诉的情形是B。