下列哪些建筑的耐火等级不应低于二级？

根据《建筑防火通用规范》GB55037-2022和《建筑设计防火规范》GB50016-2014（2018年版）的规定，下列建筑的耐火等级不应低于二级：使用或储存特殊贵重的机器、仪器等设备或物品的建筑，以及粮食筒仓。因此，选项A和E是正确的。

对于其他选项，根据规范解析：

B选项：单层独立建造的200㎡的甲类厂房，其耐火等级可以是三级，不一定需要不低于二级，因此B选项错误。

C选项：储存可燃液体的多层丙类仓库，根据规范，其耐火等级要求为一级，所以C选项错误。

D选项：蒸发量为3t／h的燃煤锅炉房，其耐火等级可以是三级，不一定需要不低于二级，因此D选项错误。