某综合楼，共地上三层，地下两层，每层建筑面积均为1500㎡，层高均为6米。关于设备用房的设置，下列选项中哪些可以设置在地下二层？

根据《建筑防火通用规范》GB55037-2022的规定，对于该综合楼地下二层的设备用房设置，有以下限制：

• 常（负）压燃油或燃气锅炉房不应位于地下二层及以下（选项B不可）。
• 可燃油油浸变压器、充有可燃油的高压电容器的设备用房（即变压器室）应位于建筑的靠外侧部位，不应设置在地下二层及以下楼层（选项A不可）。
• 消防控制室应位于建筑的首层或地下一层，疏散门应直通室外或安全出口（选项C不可）。

而柴油发电机房的设置并未明确禁止设置在地下二层，因此选项D是可以设置在地下二层的。故本题答案为D。