关于煤矿企业被责令停产整顿后的相关程序，下列哪个部门主要负责组织验收？

根据煤矿安全生产的相关规定，对于被责令停产整顿的煤矿企业，在整改结束后要求恢复生产时，由县级以上地方人民政府负有煤矿安全生产监督管理职责的部门组织验收。验收合格后，还需经本部门主要负责人签字，并报所在地矿山安全监察机构审核同意及本级人民政府主要负责人批准后，方可恢复生产。因此，主要负责组织验收的部门是所在地矿山安全监察机构，选项C正确。