某县应急管理部门在对某加工企业执法检查时，发现该企业存在以下问题：未建立特种作业人员档案，同时有电工未取得特种作业操作证便上岗作业。根据《特种作业人员安全技术培训考核管理规定》，关于应急管理部门对此类违法行为的处理，以下哪项做法正确？

针对该应急管理部门对上述违法行为的行政处理，根据《特种作业人员安全技术培训考核管理规定》：

• 对于未建立特种作业人员档案的违法行为，应给予警告，并处1万元以下的罚款，因此A选项错误。
• 对于未取得特种作业操作证的人员上岗作业的违法行为，应责令限期改正，可以处5万元以下的罚款。因此B选项是正确的做法。
• 对于安排未取得特种作业操作证的人员上岗作业的违法行为，只有在逾期未改正的情况下，才会责令停产停业整顿，并处罚款。因此C和D选项描述的处罚措施不准确。

因此，该应急管理部门应对未取得特种作业操作证的人员上岗作业的违法行为，责令限期改正，故正确答案为B。