关于甲、乙、丙、丁四家公司扩建项目的安全设施“三同时”，下列说法正确的是？

根据《建设项目安全设施"三同时"监督管理办法》的相关规定，对于从事危险化学品生产的甲公司、从事燃煤发电的乙公司和从事煤矿开采的丙公司，在扩建项目完成后，需要自行组织扩建项目安全设施的竣工验收，并编制书面报告备查。因此，选项A是正确的。

对于选项B，只有属于规定的建设项目才需要委托安全评价机构进行安全预评价，而丁公司从事的是机械设备制造，并不属于需要进行安全预评价的项目范畴，因此选项B错误。

对于选项C，只有非煤矿矿山、生产储存危险化学品等特定建设项目在安全设施设计完成后，才需要向应急管理部提出审查申请，而本题中只有甲公司属于这个范畴，因此选项C错误。

对于选项D，只有规定的建设项目在竣工或者试运行完成后，才需要委托安全评价机构对安全设施进行验收评价，而丁公司不属于需要进行安全设施验收评价的项目范畴，因此选项D错误。