某精密仪器生产企业位于河流的主河道旁边，为有效应对洪水灾害，该企业制定洪水灾害应急预案并采取相应的安全措施。近期连日大雨，河水暴涨，当地政府部门发布了洪水灾害预警。根据《安全生产事故隐患排查治理暂行规定》，该企业应当采取的安全措施有（）。

根据《安全生产事故隐患排查治理暂行规定》，在面临洪水灾害等自然灾害时，企业应当采取多项安全措施。根据题目描述和规定内容，该企业应当采取的安全措施包括停止作业、撤离人员、加强河流水位监测以及启动预案并通过媒体发布预警信息。留下专人保护仪器虽然也很重要，但并非直接对应到《安全生产事故隐患排查治理暂行规定》中所列举的必须采取的安全措施。因此，正确答案为A、C、D、E。