两家公司在同一作业区域内进行生产经营活动，为避免危及对方生产安全，两家公司签订了安全生产管理协议，明确了各自安全职责和应当采取的安全措施。根据《安全生产法》，两家公司应当( )进行安全检查与协调。

根据《安全生产法》第四十八条的规定，两家公司在同一作业区域内进行生产经营活动，可能危及对方生产安全的，应当签订安全生产管理协议，并指定专职安全生产管理人员进行安全检查与协调。因此，选项B“指定专职安全生产管理人员”是正确的。而选项A的“专职或者兼职”、选项C的“兼职”、选项D的“专职、兼职安全管理人员或者委托具有国家规定专业技术资格的工程技术人员”均不如选项B明确和符合法规要求。