主厂区内的安全布局应遵循危险与非危险分开原则,因此选项A正确。总仓库区应该远离工厂住宅区和城市等目标,以利于安全,选项B也正确。销毁场选择确实应该考虑有利的自然地形,如山沟、丘陵、河滩等地,选项C正确。然而,关于主厂区布置的位置,应该是非危险区的下风侧,以防范有害因素向周边扩散,因此选项D是错误的。