某建筑公司安全生产管理部门在施工现场检查中，发现各单体建筑物内电梯井采取了不同的防护措施。下列防护措施的做法中，正确的是（）

根据题目描述和参考答案，我们来分析每个选项的正确性：

A选项：电梯井内首层设置一道水平安全网。根据参考答案中的解析，首层应该设置两道水平安全网，因此A选项错误。

B选项：电梯井内的施工层上部设置隔离防护设施。这个做法是正确的，可以有效地防止人员坠落等安全事故的发生。

C选项：电梯井防护门底端距地面高度为100mm。根据参考答案的解析，电梯井防护门底端距地面高度应为50mm，因此C选项错误。

D选项：电梯井内每隔三层设置一道水平安全网。根据参考答案的解析，电梯井内应该是每隔两层设置一道水平安全网，因此D选项错误。

综上所述，正确的答案是B选项。