关于建设工程计价中的各项费用计算，下列说法正确的是？

关于建设工程计价中的各项费用计算，各项费用的计算基数如下：

A选项：专用工具费=（材料费+加工费+辅助材料费）×专用工具费率，故A错误。

B选项：加工费=材料总用量×材料加工单价，而不是设备总重量相关的计算，故B错误。

C选项：包装费的计算基数中应包含废品损失费，故C错误。

D选项：利润的计算基数中不应包含外购配套件费，这是正确的。

综上，正确答案为D。