根据参照解析,措施项目费的发生与施工方法或工序相关的有:脚手架工程(A)、垂直运输工程(B)、二次搬运工程(C)、已完工程及设备保护(D)以及施工排水降水(E)。这些项目都与施工方法或工序有关,因此都是正确的选项。