清标工作的主要内容包含对投标文件的实质性响应、错漏项分析、项目清单的完整性和合理性分析以及其他应分析和澄清的问题等。其中,不平衡报价分析是清标工作的一项重要内容。而选项A投标文件的澄清、选项B施工组织设计评审和选项C形式评审,均属于初步评审的内容,并不是清标工作的主要内容。因此,正确答案是D。