在最终结算时，若承包方所留的质量保证金不足以覆盖发包方的工程缺陷修复费用，则应由哪一方承担不足部分的补偿责任？

根据参考解析，最终结清时，如果承包人被扣留的质量保证金不足以抵减发包人工程缺陷修复费用，承包人应承担不足部分的补偿责任。因此，答案为A，即承包人。