承包人在提交的竣工结算款支付申请中，应包含哪些内容？

承包人向发包人提交的竣工结算款支付申请中，应包括的内容之一是应扣留的质量保证金（已缴纳履约保证金的或者提供其他工程质量担保方式的除外）。因此，选项D是正确的。其他选项中，应扣回的工程预付款、应扣回的甲供材料金额以及应扣回的安全文明施工费预付款并不是竣工结算款支付申请中必须包括的内容。