根据《标准施工招标文件》（2007年版），关于最终结清的说法正确的是（）。

根据《标准施工招标文件》（2007年版）关于最终结清的说法，承包人提交的最终结清申请中，只限于提出工程接收证书颁发后发生的索赔。因此，正确答案为B。

对于其他选项的解释：

A选项描述的是最终结清的一般概念，但并未明确提及缺陷责任期的终止，所以不是最佳答案。

C选项错误，因为承包人在最终结清支付证书签发后，应被认为已无权再提出在合同工程接收证书颁发前所发生的任何索赔。

D选项描述了质量保证金不足以抵减工程缺陷费用的情况，但并未明确说明超出部分由谁承担，因此不是正确答案。