根据《标准设计施工总承包招标文件》，承包人在收到预付款的同时应向发包人提交的文件是（）。

根据《标准设计施工总承包招标文件》的规定，承包人在收到预付款的同时应向发包人提交预付款保函。预付款的额度和支付在专用合同条款中约定，承包人提交的预付款保函的担保金额应与预付款金额相同，并且随着预付款的扣回，保函的担保金额可以相应递减。因此，选项A是正确答案。其他选项如质量保证书、预付款规范使用承诺书、工程进度款支付申请书等，并没有在题目中提到的需要同时提交的文件之列。