施工项目经理部成本核算账务体系应以单位工程为对象。这是为了严格区分企业经营成本和项目生产成本,在工程项目实施阶段不对企业经营成本进行分摊,以正确反映工程项目可控成本的收、支、结、转的状况和成本管理业绩。因此,选项B是正确的。