关于某承包商土石方工程施工的问题

第一问：根据题目给出的信息，估算合同总价可以通过合同估算工程量与全费用综合单价的乘积来计算，即5300立方米乘以每立方米180元，再除以10000，得到95.4万元。

第二问：工程预付款为估算合同总价的20%，即95.4万元的20%，等于19.08万元。根据合同规定，工程预付款从累计工程款达到估算合同总价的30％以上的下一个月起开始扣留，至合同工期的第5个月止，平均扣除。在本案例中，第1个月和第2个月完成的工程量累计尚未达到估算合同总价的30%，所以预付款应从第3个月开始扣回。每月应扣的工程预付款金额为工程预付款总额（19.08万元）除以扣留的月份数（3个月），结果为每月扣6.36万元。

第三问：首先计算每月的实际完成工程价款。根据题目给出的每月实际完成工程量与全费用综合单价的乘积计算。然后，根据合同规定，工程进度款中需按5%的比例扣留保留金，所以每月应支付给承包商的工程款需要在实际完成工程价款的基础上，扣除保留金后再支付。另外，根据合同规定，每月支付工程款最低金额为15万元，如果计算出的实际应付工程款低于这个金额，则本月不支付工程款，会累积到下个月一起支付。