关于某公路工程项目施工过程中发生的事件，承包人的索赔问题

问题1：
根据合同和工程实践，对于施工过程中发生的事件，承包人提出的索赔是否成立需根据具体情况分析。对于由于发包人的原因导致的修改设计和图纸延误，承包人可以提出索赔。但对于地质资料不符、混凝土强度提高等非监理人指令变更的情况，承包人提出的索赔不成立。对于施工图纸错误导致的费用增加，可以提出费用索赔，但工期未发生在关键线路上，工期索赔不成立。对于异常恶劣气候条件如暴雨导致的损失，承包人不能得到费用补偿，但工期索赔成立。

问题2：
承包人的索赔计算方法部分正确。管理费和利润的计算基数应为直接费而非合同价。对于桥墩图纸错误导致的费用增加，应计算直接费、管理费和利润。因此，承包人的索赔计算方法需要调整。

问题3：
根据工程实践和相关规定，如果工程缺陷责任期间发生由承包人原因引起的质量问题且承包人未能及时修复，发包人有权另请其他承包人进行修复。修复费用应从承包人的质量保证金中扣除。如果质量保证金不足以覆盖修复费用，发包人有权向承包人追索差额部分。